La comptabilité du Cancéropôle est tenue et sa gestion est effectuée selon les règles de gestion publique applicable aux Etablissements Publics Industriels et Commerciaux (EPIC, instruction budgétaire M95). Les marchés passés par le GIP Cancéropôle Ile-de-France sont soumis aux dispositions de l'ordonnance n°2005-649 du 6 juin 2005.
Une des missions du Cancéropôle est de faciliter la coordination afin de permettre une utilisation optimale et rapide des fonds dans l'intérêt de la recherche sur le cancer et dans le respect des règles d'utilisation des fonds publics. Pour cela, des manifestations administratives sont régulièrement organisées et permettent de faire un point sur les circuits financiers administratifs et de présenter les rôles et attentes de chacun.
> Les manifestations administratives