Afin d'assurer ses missions, le GIP Cancéropôle Île-de-France comprend des instances de décision, de stratégie scientifique et d'évaluation scientifique.

Président du GIP Cancéropôle Île-de-France : Pr Jean Navarro
Vice-président : Pr Claude Huriet
Directeur scientifique : Pr François Sigaux

L'Assemblée Générale
Elle est composée de représentants que chaque membre désigne pour une durée de trois ans renouvelable. Sont notamment de la compétence de l'Assemblée générale : l'adoption des propositions du Conseil d'Administration relatives au programme annuel d'activité et à l'EPRD afférent à la fixation des contributions annuelles des Membres, aux solutions à apporter (au cas où les contributions financières seraient insuffisantes) et aux prévisions d'embauche, l'approbation des comptes de chaque exercice, la nomination ou la révocation des membres du Conseil scientifique.

Le Conseil d'Administration
Il administre le groupement et prend toutes les décisions qui ne relèvent pas de la compétence de l'AG. II délibère notamment sur la nomination des membres du Comité d'Orientation et de Pilotage Stratégique et le fonctionnement du groupement.

Le Secrétaire général
Il assure le fonctionnement du groupement sous l'autorité du Conseil d'Administration. Dans les rapports avec les tiers, le Secrétaire général engage le groupement, par tout acte entrant dans son objet.

Le Conseil Scientifique
Il est notamment chargé d'évaluer la stratégie scientifique adoptée par le Directeur du Cops, d'émettre des recommandations destinées au Comité de Pilotage et d'émettre, le cas échéant, un avis sur des questions soulevées par le Président, le Directeur scientifique, le tiers des membres de l'AG ou le tiers des membres du CA. Le Conseil Scientifique est composé de neuf membres chercheurs académiques, venant de France (travaillant en dehors de l'Île-de-France) ou d'Europe, d'un représentant des Laboratoires Pharmaceutiques et d'un représentant des PME franciliennes, sur proposition du pôle de compétitivité Medicen.

Le Comité d'Orientation et de Pilotage Stratégique (Cops)
Instance interne au Cancéropôle, elle est chargée de la définition et du suivi de la stratégie scientifique, de l'organisation de l'animation scientifique, de l'émergence de nouveaux projets, de l'évaluation de la pertinence stratégique des projets soutenus par le Cancéropôle. Le Cops comprend tous les responsables d'axes de recherche retenus, un responsable scientifique par Membre, un représentant des partenaires (n'appartenant ni à l'Inserm, ni au CNRS, ni au CEA), un représentant de l'Inserm, du CNRS et du CEA. Le Directeur scientifique du Cops, nommé parmi les membres du bureau, est chargé de l'animation scientifique et de la stratégie scientifique du Cancéropôle. Il s'appuie sur le Cops pour arrêter ses choix stratégiques, scientifiques et médicaux. Afin de gérer au quotidien ces aspects, le Cops se dote d'un Bureau comprenant six membres représentant l'Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, l'Institut Curie, l'Institut Gustave Roussy, l'Institut Universitaire d'Hématologie, le Centre René Huguenin, l'Institut Pasteur.